IATF16949認證機構在實施IATF16949認證審核前會與企業簽訂IATF16949認證協議，雖然協議中情況很少出現，但作為申請IATF16949認證企業需要知識并遵守下面IATF對IATF16949認證機構與申請IATF16949認證企業間協議要求，當然可能很多IATF16949認證機構與IATF16949認證企業間簽署協議內容已超出IATF在IATF16949認可規則要求。

IATF16949認可規則關于IATF16949認證機構與企業間IATF16949認證協議要求
IATF16949認證機構應就向客戶提供認證活動而達成具有法律效力的協議。此外，如果IATF16949認證機構有多個辦公室，或IATF16949認證企業有多個現場，認證機構應保證提供認證并出具證書，并與與所有認證范圍內的現場之間各有一份具有法律效力的協議。
這種具有法律效力的協議應包括確保其可以擴展到所有活動轉移到新的IATF 認可的IATF16949認證機構完成為止的規定。
IATF16949認證機構與客戶之間的合同必須包含以下內容z
a) 客戶應向認證機構通知任何變更（見第3.2 條〕：
b) 客戶不得拒絕IATF 對認證機構的見證審核：
c) 客戶不得拒絕認證機構內部見證審核員的出席：
d) 客戶不得拒絕IATF代表或其委派人員的出席：
e) 客戶不得拒絕認證機構向IATF提供最終報告的要求：
f) 在本認證計劃中，只可以在IATF16949認證機構出具的證書上使用IATF 標識。禁止將IATF 標識用作其他任何用途，無論是否單獨使用：注：客戶可為營銷和廣告的目的復印帶有IATF 標識的IATF16949證書。
g) 客戶咨詢顧問不得在審核過程中出現在客戶現場或以任何方式參與審核。
IATF16949認證機構審核組應熟悉與客戶簽署的具有法律效力的協議。
IATF16949認證企業變更通知
IATF16949認證機構應有具有法律效力的協議，以確保客戶立即通知認證機構有關可能影響管理體系繼續滿足IATF16949認證要求的能力的事宜。此類事宜包括以下內容的變更：
a) 法律狀況，
b) 商業狀況（如：與其他組織合資、分包）：
c) 所有權狀況（如·合并、收購）：
d) 組織與管理（如．關鍵管理、決定或技術人員）：
e) 聯系地址或地點：
f) 被認證管理體系的操作范圍；
g) IATF OEM 顧客的特殊狀況（見第8.0 條和第10.0 條）：
h ) 轉移至新的IATF認可的IATF16949認證機構。
針對上述所列變化，IATF16949認證機構可能需要進行特殊審核（見第7.2 條）。
若IATF16949認證企業未能向IATF16949認證機構通知變更，則視為違反具有法律效力的協議，并應當被開出嚴重不符合。